¿Hay alguna forma de actualizar Blender sin borrarlo y descargar la nueva versión?

Blender no tiene una función de (auto)actualización que haga esto por ti.

Hace algunos años experimenté con una forma de crear parches binarios - que funciona bastante bien, pero el experimento nunca tomó más forma, ya que se necesita crear toda una infraestructura para apoyar esto, y para tal esfuerzo no se han encontrado recursos (personas dispuestas a trabajar en él, mantenerlo y los servidores).

Hasta que llegue ese día, tendrás que descargar el programa completo. Ten en cuenta que no tienes que instalar Blender, simplemente puedes ejecutarlo desde la ubicación en la que lo hayas descargado y extraído (al menos en Linux y Windows, así que asumiendo que funciona también en OS X).

Eso no es posible con los binarios. Sin embargo, podría hacerlo con el código fuente.

Puedes descargar el código fuente del repositorio y compilarlo tú mismo. Con este método, sólo tiene que descargar los archivos que han cambiado. Si eliges hacer esto, tendrás que compilar Blender cada vez que actualices el código, lo que lleva más tiempo que sólo instalarlo.

Si estás en Ubuntu (o en alguna distribución linux con actualizaciones automáticas, básicamente todas), puedes elegir descargar la última versión de desarrollo. De este modo, recibirás las actualizaciones. Si estás interesado, aquí's un enlace: http://mbah.net/2010/11/11/installing-blender-2-55-beta/