Método estándar (sin biblioteca)

Los argumentos se almacenan en process.argv.

Aquí están los documentos del nodo sobre el manejo de los argumentos de la línea de comandos:

El process.argv es un array que contiene los argumentos de la línea de comandos. El primer elemento será 'node', el segundo elemento será el nombre del archivo JavaScript. Los siguientes elementos serán cualquier argumento adicional de la línea de comandos.

// print process.argv
process.argv.forEach(function (val, index, array) {
  console.log(index + ': ' + val);
});

Esto generará:

$ node process-2.js one two=three four
0: node
1: /Users/mjr/work/node/process-2.js
2: one
3: two=three
4: four

Para normalizar los argumentos como los que recibiría una función javascript normal, hago esto en mis scripts de shell node.js:

var args = process.argv.slice(2);

Ten en cuenta que el primer argumento suele ser la ruta a nodejs, y el segundo argumento es la ubicación del script que estás ejecutando.

Optimista (nodo-optimista)

Echa un vistazo a optimist library, es mucho mejor que analizar las opciones de la línea de comandos a mano.

Actualización

Optimist está obsoleto. Pruebe yargs que es un fork activo de optimist.