Quiero copiar un directorio de un lugar a otro a través de la línea de comandos

La bandera a es probablemente lo que está buscando:

cp -a /path/from /path/to

La bandera -a activa el comportamiento recursivo (que también se puede hacer con la bandera -R), y también intentará preservar los metadatos como la propiedad del archivo, los permisos, las marcas de tiempo, los enlaces, etc.

Sólo debería necesitar usar sudo si está copiando a una ubicación que no es propiedad del usuario actual, si el usuario actual no tiene permisos de lectura para los archivos que se están copiando, o si quiere preservar la propiedad de los archivos que no son propiedad del usuario actual.

Si desea copiar el directorio, utilice el siguiente comando:

sudo cp -R Source_Folder Destination_Folder

Este comando también se puede utilizar para copiar archivos, simplemente eliminando el "R" que se utiliza para copiar la estructura recursiva de las carpetas internas (si hay alguna en la ruta de Source_Folder que hemos mencionado).

Un ejemplo más:

sudo cp -R /var/www/* /home/test_user/

Por favor, no dude en dejar un comentario en caso de cualquier problema.

Creo que la mejor manera es usar el comando gksu nautilus y puedes copiar lo que quieras con la GUI común como siempre.