Como la conexión en red está desactivada en los emuladores, no es posible.

El sitio web de Desmume afirma que el wifi no está emulado y no es compatible. Supongo que el caso es el mismo con el otro emulador.

Otra fuente (gracias @Robotnik)

Hay emuladores que pueden emular varias máquinas a la vez.

Esto significa que puedes jugar al mismo juego en cuatro máquinas virtuales conectadas, si no me falla la memoria.

Recuerdo que esto es posible en el "no$gba" emulador. Esto te dará los Pokemon disponibles mediante intercambio, pero si hay Pokemon sólo disponibles en la otra versión del juego de dicha generación, no podrás conseguirlos.

Puedes con PokeGen

Aunque no es oficial logra lo mismo cosa exacta al final.

PokeGen es una utilidad de Windows que te permite editar el archivo de guardado de los juegos Pokemon de NDS. &gt También puedes Generar Códigos de Repetición de Acciones, modificar la PokeDex, añadir Cartas Maravilla, editar Items, y editar skins C-Gear.

Juegos compatibles Pokemon Negro 2, Blanco 2, Negro, Blanco, HeartGold, SoulSilver, Platino, Diamante y Perla. SO Compatible Windows XP, Vista, 7 y 8.

Sólo asegúrese de que el OT (Original Trainer), donde fue capturado, la versión del cartucho, etc, coinciden con lo que quieres.

Puedes cambiar manualmente desde la primera generación hasta la última versión. Dependiendo de lo analítico que quieras ser puedes seguir este tutorial extremadamente largo, detallado e interesante

**Esta es la única forma de mover Pokemon de un emulador a otro.