Comando

:%s//\r/g

Donde `` significa escribir Ctrl+V y luego Ctrl+M.

Explicación

:%s

sustituto, % = todas las líneas

Caracteres ^M (el Ctrl-V es una forma de Vim de escribir el carácter Ctrl ^ y Ctrl-M escribe la M después de la expresión regular, resultando en el carácter especial ^M)

/\r/

con nueva línea (\r)

g

Y hacerlo globalmente (no sólo la primera ocurrencia en la línea).

En Linux y Mac OS, funciona lo siguiente,

:%s/^V^M/^V^M/g

donde ^V^M significa teclear Ctrl+V, y luego Ctrl+M.

Nota: en Windows probablemente quiera usar ^Q en lugar de ^V, ya que por defecto ^V se asigna a pegar texto;

^M se recupera con Ctrl+V y M, por lo que

s/^M//g