Comandante

:%s//\r/g

Onde `` significa tipo Ctrl+V depois Ctrl+M.

Explicação

:%s

substituto, % = todas as linhas

^M caracteres (o Ctrl-V é uma forma Vim de escrever o carácter Ctrl ^ e Ctrl-M escreve o M após a expressão regular, resultando no carácter especial ^M)

/\r/

com nova linha (\r)

g

E faça-o globalmente (não apenas a primeira ocorrência na linha).

No Linux e Mac OS, o seguinte funciona,

:%s/^V^M/^V^M/g

onde ^V^M significa tipo Ctrl+V, então Ctrl+M.

Nota: no Windows você provavelmente quer usar ^Q em vez de ^V, já que por padrão ^V é mapeado para colar texto.

^M é recuperado por Ctrl+V e M assim como

s/^M//g