Gennemløbe indholdet af en fil i Bash

Hvordan gennemløber jeg hver linje i en tekstfil med Bash?

Med dette script:

echo "Start!"
for p in (peptides.txt)
do
    echo "${p}"
done

Jeg får dette output på skærmen:

Start!
./runPep.sh: line 3: syntax error near unexpected token `('
./runPep.sh: line 3: `for p in (peptides.txt)'

(Senere vil jeg gøre noget mere kompliceret med $p end blot at sende det ud på skærmen.)

Miljøvariablen SHELL er (fra env):

SHELL=/bin/bash

/bin/bash --version output:

GNU bash, version 3.1.17(1)-release (x86_64-suse-linux-gnu)
Copyright (C) 2005 Free Software Foundation, Inc.

cat /proc/version output:

Linux version 2.6.18.2-34-default (geeko@buildhost) (gcc version 4.1.2 20061115 (prerelease) (SUSE Linux)) #1 SMP Mon Nov 27 11:46:27 UTC 2006

Filen peptides.txt indeholder:

RKEKNVQ
IPKKLLQK
QYFHQLEKMNVK
IPKKLLQK
GDLSTALEVAIDCYEK
QYFHQLEKMNVKIPENIYR
RKEKNVQ
VLAKHGKLQDAIN
ILGFMK
LEDVALQILL
iNet
Redigeret spørgsmål 2018ør juni 2018 в 6:50
Programmering
linux io unix bash loops
2009ør oktober 2009 в 5:52
22 visninger
Løsning

En måde at gøre det på er:


while read p; do
  echo "$p"
done
rogerdpack
Redigeret svar 2019ør oktober 2019 в 5:28
Kommentarer (22)
 
cat peptides.txt | while read line 
do
   # do something with $line here
done

og varianten med en linje:

cat peptides.txt | while read line; do something_with_$line_here; done

Disse indstillinger vil springe den sidste linje i filen over, hvis der ikke er nogen afsluttende linjefod.

Du kan undgå dette ved at gøre følgende:

cat peptides.txt | while read line || [[ -n $line ]];
do
   # do something with $line here
done
rogerdpack
Redigeret svar 2019ør oktober 2019 в 5:27
Kommentarer (21)

Mulighed 1a: Mens sløjfe: En enkelt linje ad gangen: Omdirigering af input

#!/bin/bash
filename='peptides.txt'
echo Start
while read p; do 
    echo $p
done < $filename

Mulighed 1b: Mens sløjfe: En enkelt linje ad gangen: Åbn filen, læs fra en fildeskriptor (i dette tilfælde fildeskriptor #4). 


#!/bin/bash
filename='peptides.txt'
exec 4
hek2mgl
Redigeret svar 2019ør september 2019 в 9:39
Kommentarer (6)