Bashでファイルの内容をループする

テキストファイルの各行をBashでイテレートするには？

このスクリプトで

echo "Start!"
for p in (peptides.txt)
do
    echo "${p}"
done

画面にはこのように出力されます。

Start!
./runPep.sh: line 3: syntax error near unexpected token `('
./runPep.sh: line 3: `for p in (peptides.txt)'

(後で $p を使って、単にスクリーンに出力するだけでなく、もっと複雑なことをしてみたいと思います。)

環境変数SHELLは(envより)。

SHELL=/bin/bash

/bin/bash --version で出力されます。

GNU bash, version 3.1.17(1)-release (x86_64-suse-linux-gnu)
Copyright (C) 2005 Free Software Foundation, Inc.

cat /proc/version 出力されました。

Linux version 2.6.18.2-34-default (geeko@buildhost) (gcc version 4.1.2 20061115 (prerelease) (SUSE Linux)) #1 SMP Mon Nov 27 11:46:27 UTC 2006

ファイル「peptides.txt」には

RKEKNVQ
IPKKLLQK
QYFHQLEKMNVK
IPKKLLQK
GDLSTALEVAIDCYEK
QYFHQLEKMNVKIPENIYR
RKEKNVQ
VLAKHGKLQDAIN
ILGFMK
LEDVALQILL
iNet
編集された質問 19日 6月 2018 в 6:50
プログラミング
linux io unix bash loops
5日 10月 2009 в 5:52
16 ビュー
ソリューション

一つの方法として


while read p; do
  echo "$p"
done
rogerdpack
編集した答え 31日 10月 2019 в 5:28
解説 (22)
 
cat peptides.txt | while read line 
do
   # do something with $line here
done

とワンライナーのバリエーションがあります。

cat peptides.txt | while read line; do something_with_$line_here; done

これらのオプションは、ファイルの最後の行が改行されていない場合、その行をスキップします。

次のようにすれば、これを回避できます。

cat peptides.txt | while read line || [[ -n $line ]];
do
   # do something with $line here
done
rogerdpack
編集した答え 31日 10月 2019 в 5:27
解説 (21)

選択肢1a: While loop: 一度に一行を入力します。 入力リダイレクト

#!/bin/bash
filename='peptides.txt'
echo Start
while read p; do 
    echo $p
done < $filename

選択肢 1b: While loop: 一度に一行ずつ。 ファイルを開き、ファイルディスクリプタ（ここではファイルディスクリプタ#4）から読み込みます。 


#!/bin/bash
filename='peptides.txt'
exec 4
hek2mgl
編集した答え 18日 9月 2019 в 9:39
解説 (6)