Egy fájl tartalmának átfutása a Bashben

Hogyan iterálhatom végig egy szöveges fájl minden egyes sorát a Bash segítségével?

Ezzel a szkripttel:

echo "Start!"
for p in (peptides.txt)
do
    echo "${p}"
done

Ezt a kimenetet kapom a képernyőn:

Start!
./runPep.sh: line 3: syntax error near unexpected token `('
./runPep.sh: line 3: `for p in (peptides.txt)'

(Később valami bonyolultabbat akarok csinálni a $p-vel, mint csak a képernyőre való kimenet.)

A SHELL környezeti változó (az env-ből):

SHELL=/bin/bash

/bin/bash --version kimenet:

GNU bash, version 3.1.17(1)-release (x86_64-suse-linux-gnu)
Copyright (C) 2005 Free Software Foundation, Inc.

cat /proc/verzió kimenet: `}545454}..:

Linux version 2.6.18.2-34-default (geeko@buildhost) (gcc version 4.1.2 20061115 (prerelease) (SUSE Linux)) #1 SMP Mon Nov 27 11:46:27 UTC 2006

A peptides.txt fájl a következőket tartalmazza:

RKEKNVQ
IPKKLLQK
QYFHQLEKMNVK
IPKKLLQK
GDLSTALEVAIDCYEK
QYFHQLEKMNVKIPENIYR
RKEKNVQ
VLAKHGKLQDAIN
ILGFMK
LEDVALQILL
iNet
Szerkesztett kérdés 19. június 2018 в 6:50
Programozás
linux io unix bash loops
5. október 2009 в 5:52
26 nézetek
Megoldás

Ennek egyik módja a következő:


while read p; do
  echo "$p"
done
rogerdpack
Szerkesztett válasz 31. október 2019 в 5:28
Kommentárok (22)
 
cat peptides.txt | while read line 
do
   # do something with $line here
done

és az egysoros változat:

cat peptides.txt | while read line; do something_with_$line_here; done

Ezek az opciók kihagyják a fájl utolsó sorát, ha nincs utána sorbetét.

Ezt a következőkkel elkerülheti:

cat peptides.txt | while read line || [[ -n $line ]];
do
   # do something with $line here
done
rogerdpack
Szerkesztett válasz 31. október 2019 в 5:27
Kommentárok (21)

1a. lehetőség: While ciklus: Egyszerre csak egy sor: Bemeneti átirányítás

#!/bin/bash
filename='peptides.txt'
echo Start
while read p; do 
    echo $p
done < $filename

1b. lehetőség: While ciklus: Egyszerre csak egy sor: Megnyitjuk a fájlt, olvasunk egy fájlleíróból (ebben az esetben a 4. számú fájlleíróból). 


#!/bin/bash
filename='peptides.txt'
exec 4
hek2mgl
Szerkesztett válasz 18. szeptember 2019 в 9:39
Kommentárok (6)