Schleifenbildung durch den Inhalt einer Datei in der Bash

Wie kann ich jede Zeile einer Textdatei mit Bash durchlaufen?

Mit diesem Skript:

echo "Start!"
for p in (peptides.txt)
do
    echo "${p}"
done

erhalte ich diese Ausgabe auf dem Bildschirm:

Start!
./runPep.sh: line 3: syntax error near unexpected token `('
./runPep.sh: line 3: `for p in (peptides.txt)'

(Später möchte ich etwas Komplizierteres mit $p machen als nur die Ausgabe auf dem Bildschirm).

Die Umgebungsvariable SHELL ist (aus env):

SHELL=/bin/bash

/bin/bash --version ausgeben:

GNU bash, version 3.1.17(1)-release (x86_64-suse-linux-gnu)
Copyright (C) 2005 Free Software Foundation, Inc.

cat /proc/version Ausgabe:

Linux version 2.6.18.2-34-default (geeko@buildhost) (gcc version 4.1.2 20061115 (prerelease) (SUSE Linux)) #1 SMP Mon Nov 27 11:46:27 UTC 2006

Die Datei peptides.txt enthält:

RKEKNVQ
IPKKLLQK
QYFHQLEKMNVK
IPKKLLQK
GDLSTALEVAIDCYEK
QYFHQLEKMNVKIPENIYR
RKEKNVQ
VLAKHGKLQDAIN
ILGFMK
LEDVALQILL
iNet
Bearbeitete Frage 19. Juni 2018 в 6:50
Programmierung
linux io unix bash loops
5. Oktober 2009 в 5:52
14 Aufrufe
Lösung

Eine Möglichkeit ist, dies zu tun:


while read p; do
  echo "$p"
done
rogerdpack
Bearbeitete Antwort 31. Oktober 2019 в 5:28
Kommentare (22)
 
cat peptides.txt | while read line 
do
   # do something with $line here
done

und die Einzeiler-Variante:

cat peptides.txt | while read line; do something_with_$line_here; done

Mit diesen Optionen wird die letzte Zeile der Datei übersprungen, wenn es keinen abschließenden Zeilenvorschub gibt.

Sie können dies wie folgt vermeiden:

cat peptides.txt | while read line || [[ -n $line ]];
do
   # do something with $line here
done
rogerdpack
Bearbeitete Antwort 31. Oktober 2019 в 5:27
Kommentare (21)

Option 1a: While-Schleife: Jeweils eine Zeile: Umleitung der Eingabe

#!/bin/bash
filename='peptides.txt'
echo Start
while read p; do 
    echo $p
done < $filename

Option 1b: While-Schleife: Jeweils eine Zeile: Öffnen Sie die Datei, lesen Sie von einem Dateideskriptor (in diesem Fall Dateideskriptor #4). 


#!/bin/bash
filename='peptides.txt'
exec 4
hek2mgl
Bearbeitete Antwort 18. September 2019 в 9:39
Kommentare (6)