Αναζήτηση του περιεχομένου ενός αρχείου σε Bash

Πώς μπορώ να επαναλάβω κάθε γραμμή ενός αρχείου κειμένου με Bash;

Με αυτό το σενάριο:

echo "Start!"
for p in (peptides.txt)
do
    echo "${p}"
done

Παίρνω αυτή την έξοδο στην οθόνη:

Start!
./runPep.sh: line 3: syntax error near unexpected token `('
./runPep.sh: line 3: `for p in (peptides.txt)'

(Αργότερα θέλω να κάνω κάτι πιο περίπλοκο με το $p από την απλή έξοδο στην οθόνη).

Η μεταβλητή περιβάλλοντος SHELL είναι (από το env):

SHELL=/bin/bash

/bin/bash --version έξοδος: /bin/bash --version:

GNU bash, version 3.1.17(1)-release (x86_64-suse-linux-gnu)
Copyright (C) 2005 Free Software Foundation, Inc.

cat /proc/version output:

Linux version 2.6.18.2-34-default (geeko@buildhost) (gcc version 4.1.2 20061115 (prerelease) (SUSE Linux)) #1 SMP Mon Nov 27 11:46:27 UTC 2006

Το αρχείο peptides.txt περιέχει:

RKEKNVQ
IPKKLLQK
QYFHQLEKMNVK
IPKKLLQK
GDLSTALEVAIDCYEK
QYFHQLEKMNVKIPENIYR
RKEKNVQ
VLAKHGKLQDAIN
ILGFMK
LEDVALQILL
iNet
Επεξεργασμένη ερώτηση Κάνε Ιούνιος 2018 в 6:50
Προγραμματισμός
linux io unix bash loops
Κάνε Οκτώβριος 2009 в 5:52
12 προβολές
Λύση

Ένας τρόπος για να το κάνετε είναι:


while read p; do
  echo "$p"
done
rogerdpack
Επεξεργασμένη απάντηση Κάνε Οκτώβριος 2019 в 5:28
Σχόλια (22)
 
cat peptides.txt | while read line 
do
   # do something with $line here
done

και η παραλλαγή με ένα στίχο:

cat peptides.txt | while read line; do something_with_$line_here; done

Αυτές οι επιλογές θα παραλείψουν την τελευταία γραμμή του αρχείου αν δεν υπάρχει τροφοδοσία γραμμής στο τέλος.

Μπορείτε να το αποφύγετε αυτό με τα ακόλουθα:

cat peptides.txt | while read line || [[ -n $line ]];
do
   # do something with $line here
done
rogerdpack
Επεξεργασμένη απάντηση Κάνε Οκτώβριος 2019 в 5:27
Σχόλια (21)

Επιλογή 1α: Βρόχος While: Μία γραμμή κάθε φορά: Ανακατεύθυνση εισόδου

#!/bin/bash
filename='peptides.txt'
echo Start
while read p; do 
    echo $p
done < $filename

Επιλογή 1β: Βρόχος While: Μία γραμμή κάθε φορά: Ανοίξτε το αρχείο, διαβάστε από έναν περιγραφέα αρχείου (σε αυτή την περίπτωση περιγραφέας αρχείου #4). 


#!/bin/bash
filename='peptides.txt'
exec 4
hek2mgl
Επεξεργασμένη απάντηση Κάνε Σεπτέμβριος 2019 в 9:39
Σχόλια (6)